רבי שמעון בר יוחאי היה תלמידו של רבי עקיבא. שנהרג על קידוש השם בעת הרדיפות האכזריות נגד התורה והיהדות על ידי קיסר רומי אדריאנוס.
כשעלה על כס קיסרות רומי המלך אנטונינוס פיאוס, הוקלו הגזירות ורבי שמעון בר יוחאי, יחד עם יתר התנאים, יכלו שוב ללמד ולהפיץ את תורת ה' בגלוי. התנא רבי יהודה בן בבא הסמיך אותם ושוב קמו לתחייה הישיבות בארץ ישראל ושקקו תלמידים לרוב.
אולם רבי שמעון בר יוחאי, שנא את קיסרות רומי שנאה גדולה. על רדיפותיה נגד התורה ושומריה, וכשהתבטא בחריפות נגד המלכות, בקשו לאסרו ולענשו.
תחלה הסתתרו רבי שמעון ובנו בבית המדרש, אך כשהסכנה לשלומו גברה, ברח מן העיר ומצא מקלט במערה.
מיד צמחו בפתח המערה עצי חרובים ואף מעיין מים חיים החל מפכה ליד המערה. ממזון מופלא זה ניזונו רבי שמעון ואלעזר בנו במשך כל זמן היותם במערה, שלוש עשרה שנה.
במשך שלוש עשרה שנים אלו הגה רבי שמעון בר יוחאי ובנו בתורת ה' יומם ולילה, הם העמיקו להתבונן בסודות א-ל שבתורה ובבריאה האלוקית של העולם.
בצאתו מן המערה, לאחר שלוש עשרה השנים, התפרסם רבי שמעון יותר מאשר לפני ההסתתרות, כאיש אלוקים ותנא גדול. רבי שמעון ובנו נסעו אחר כך לטבריה, לפי הוראות הרופאים, בכדי להתרפאות בחמי טבריה, משום שגופם הצטמק בתקופה זו שהתחבאו במערה.
העיר טבריה מוחזקת היתה בתקופה ההיא לעיר לא טהורה, כי היה בקבלה שנבנתה (על ידי הורדוס אנטיפם - נכד הורדוס הגדול) על קרקע שהיה עליה בית קברות. אולם כשרבי שמעון בר יוחאי ובנו נתרפאו במימי "חמי טבריה", קבלו על עצמם לתת תודה לעיר זו, והתשורה - טהרו את העיר: הם חקרו ואזנו איזה חלק מהעיר טמאה, ויתר האזורים הוכשרו לכל ישראל, אף לכוהנים.
עננים שחורים עלו שוב על שמי ישראל. בבבל פרצה התקוממות נגד מלכות רומי וחלק גדול מבני ישראל שבארץ ישראל לקחו חלק גדול בהתקוממות זו. המרד נמשך ארבע שנים, הרומאים נצחו לבסוף. והרדיפות נגד היהודים בארץ ישראל גברו והלכו.
ברומי הוכתר בינתיים למלך, מרקוס אורליוס שהיה ידוע לאדם ישר וטוב לב. היהודים החליטו לשלוח משלחת לרומא ולבקש להקל את מצוקת הגזירות.
פני ישראל הופנו לעבר רבי שמעון בר יוחאי לעמוד בראש המשלחת. במשלחת השתתף גם רבי אלעזר, בנו של רבי יוסי, ששלט היטב בשפה הלטינית ובאורח פלא הצליחה המשלחת בתפקידה באופן יוצא מן הכלל.
סיפור מעניין מובא במדרש מזמן שרבי שמעון בר יוחאי היה בצידון:
"מעשה באשה אחת בצידון ששהתה עשר שנים עם בעלה ולא ילדה, באו לפני רבי שמעון בר יוחאי (ורצו להתגרש זה מזה), אמר להם: כשם שכשנשאתם זה לזה (היה זה) במאכל ובמשתה, כך אין אתם מתגרשים, אלא מתוך מאכל ומשתה. הלכו ועשו לעצמם יום טוב, ועשו סעודה גדולה ושכרתו יותר מדי. כיון שהתיישבה עליו דעתו אמר לה: בתי, אי כל חפץ טוב שיש לי בבית, טלי אותו ולכי לבית אביך! מה עשתה היא? לאחר שישן רמזה לעבדיה ולשפחותיה ואמרה להם: שאוהו במטה וקחו אותו והוליכוהו לבית אבא...
בחצי הלילה ניעור משנתו, כיון שפג יינו, אמר לה: בתי היכן אני נתון? אמרה לו: בבית אבא. אמר לה: מה לי ולבית אביך? אמרה לו: ולא כך אמרת לי בערב - כל חפץ טוב שיש בביתי טלי אותו ולכי לבית אביך? ואין חפץ טוב לי בעולם יותר ממך...
הלכו להם למחרת אצל רבי שמעון בר יוחאי (ולאחר ששמע את דבריהם) לא רצה שוב לגרשם, אלא עמד והתפלל עליהם ונפקדו (בבנים)".
כאמור, ישבו רבי שמעון ובנו 13 שנה במערה, וה' עצמו כלכלם ופרנסם. נסים רבים אירעו להם שם, עד שבא אליהם אליהו הנביא ובישר להם כי המלך מת ויכולים הם לצאת ממקום מחבואם. כשיצאו מהמחבוא, התקבצו אליהם תלמידים רבים, והם למדום גם את החכמה האלוקית של ה"קבלה", וגילו לפניהם סודות ורזים רבים, שלא היו ידועים עד אז לכולם. הדברים הובאו אחר כך בספר "הזוהר" הקדוש.
במשך מאות שנים עבר ספר "הזוהר" הקדוש מדור לדור, עד אשר חכם גדול אחד, בשם רבי משה ברבי שם טוב די ליאון שחי לפני 700 שנה פרסם כתב יד עתיק של "הזוהר" הקדוש שחיבר רבי שמעון בר יוחאי.
מאז נפוץ ספר "הזוהר" בין כל ישראל ומוחזק כספר קדוש, חכמים רבים החלו ללמוד כספר "הזוהר" (שנכתב בלשון הארמית), ומצאו בו מעיין מתגבר של קדושה וטהרה לרומם את הנשמה ולהגיע על ידו אל המדרגות העילאיות ביותר לעבודת הבורא.
רבי שמעון בר יוחאי אמר: בחבורי זה (כלומר כזכות ספר "הזוהר") יצאו ישראל מהגלות.
